1、操作上的区别：直接支付是直接上报财政局。而授权支付客户必须先向财政部申请支付财务批准；

2、指令提供者的区别：财政直接支付由财政部门向中国人民银行以及代理银行签发支付指令，财政授权支付由预算单位按照财政部门的授权，自行向代理银行签发支付指令；

3、支出内容的区别：工资、购买消费、转移等支付支出属于直接支付的内容，而其他的购买或零散的消费支出，为实行财政直接支出的均属于授权支付内容。

财政直接支付方式

直接支付方式下获得财政补助的程序：上市公司需要支付财务资源时，必须根据财政部预算和支出计划直接向财政部提出支付申请。经财政部门核对后，财务部门会通过零余额账户直接向收款人支付款项。因此，当代理人收到了银行分配给财务部门的财务余额账户付款信息时，上市公司必须按照财务部门实际支付的金额计算财务补贴。即财政直接支付方式下，事业单位在实际使用了财政资金的同时确认财政补助收入。