农村合作医疗报销流程如下：

1、转诊备案：投保人需要携带本人的有效身份证件以及新农合医疗证，前往当地的农村合作医疗管理办公室，办理好本人的转诊备案手续；

2、出院报销：患者需要在出院之后携带本人的出院小结、病例复印件以及住院费用清单等资料，前往当地的农村合作医疗管理办公室进行报销；