个税申报系统操作流程：

1.首先下载安装自然人税收管理系统，安装后输入账号密码登录。

2.点击“人员信息采集”。

3.点击“添加”之后，页面会弹出填写框，输入员工的信息，包括姓名、身份证号码。

4.选中员工信息条，点击“报送”。

5.填写申报表，点击主界面的“扣缴所得税报告表填写”之后，点击“添加”。

6.页面会弹出报送选择，勾选报告表，点击“发送申报”。

7.输入申报密码，点击“确认”，点击确认后，页面会弹出申报反馈信息，如果显示申报成功，则使用自然人税收管理系统申报个人所得税就完成了。