商业用房办房产证需要缴纳的费用因面积和房屋总价等因素而异。一般来说，需要缴纳以下费用：1. 契税：按照房屋总价的3%-5%不等缴纳，具体金额根据房屋面积和户型而定。2. 公共维修基金：按照房屋总价的2%左右缴纳，用于房屋公共部位的维修和保养。3. 印花税：按照房屋总价的0.05%缴纳，用于房屋交易过程中的凭证税。4. 登记费：个人为几十元一宗，其他按产证发证编号的多少来收取，有的地方规定每人最高不超过20元。5. 测绘费：个人为1.36元/平米，但实际价格根据不同地方规定有差异。6. 其他费用：可能涉及一些工本费、拓印费、评估费等，具体以当地规定为准。需要注意的是，不同城市和区域的收费标准可能存在差异，具体费用需要根据实际情况进行计算。