一是融资困难。挂牌企业的数量暴增并未带来流动性改善，90%的挂牌企业零交易，很多优质企业的估值长期被低估。企业的实际融资需求得不到满足，很多企业尤其是传统企业鲜有投资者关注。
二是经营状况多呈倒“U”字陷阱。企业本欲借助挂牌新三板来提振经营状况，然而事与愿违，在挂牌期间，企业的经营状况不但没有发生实质性改善，甚至比挂牌前要更糟。
三是曲线上市：转板IPO。低流动性还带来了挂牌企业的市场估值与价值投资相背离的情况，摘牌并不完全意味着是坏事，随着新三板挂牌企业数量的指数式上涨，分层制度的实施，优质的企业自然会逐渐浮出水面，曾苦于漫长IPO排队的挂牌企业转板的意愿也越来越强烈。